Como contracara de este tremendo avance tecnológico existe una segunda voz: La que se mantiene en contra de la manipulación genética de los alimentos y que enuncia que esta atenta contra la salud de la población. Estas voces de protesta se originan en que existen campos con diversas dudas concernientes al tema, que la ciencia no ha develado completamente.
Por esto, es que diversas organizaciones ambientalistas y ecologistas claman en favor de la agricultura biológica y orgánica, y promueven los alimentos de calidad que no aplican modificaciones o alteraciones genéticas, o utilizan agroquímicos y/o agrotóxicos para su crecimiento. Dada la corta historia de este tremendo avance tecnológico, existe poca legislación que controle o regule la utilización de esta ciencia. Al respecto, una de las pocas condiciones que se deben cumplir son las de respetar una directiva europea de 1997 que obliga a que los productos transgénicos:
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